规划中表示，交通一体化是京津冀协同发展的骨骼系统和先行领域，要着眼于京津冀城市群整体空间布局，适应疏解北京非首都功能和产业升级转移需要，按照网络化布局、智能化管理和一体化服务的要求，构建以轨道交通为骨干的多节点、网格状、全覆盖的交通网络。构建以轨道为主的客运走廊，强化国家干线铁路、城际铁路、市域（郊）铁路和城市轨道的高效衔接，构建内外疏密有别、高效便捷的轨道交通网络，建设“轨道上的京津冀”。
“十三五”期间重点推进京张城际、京沈客专、京霸铁路等干线铁路建设，推进铁路货运环线规划建设及货运站功能外迁，优化调整铁路客货枢纽功能与分工，加强运营组织和管理调度的协同。
构建高效密集的城际铁路网，加快推进京唐、京滨、京石等城际铁路建设，加强北京、天津、河北主要城市间轨道交通衔接，形成连接首都国际机场、新机场及沿线各新城的交通骨干走廊，京津冀区域城际铁路主骨架基本形成。
在加强轨道建设的同时，打造京津冀国际一流的陆空运输体系。一方面，以北京新机场为京津冀协同发展的新引擎，带动北京南部地区及津冀毗邻地区发展。同时，与天津滨海机场、石家庄正定机场等形成合理定位、优势互补、协调发展的区域机场群。另一方面，建设形成由京霸铁路、廊涿城际、轨道交通新机场线、新机场高速、新机场北线高速、京台高速及京开高速拓宽工程组成的“五纵两横”综合快速联络通道。基本建成国家高速公路网，加快推进市域新增规划国道建设，进一步完善网络布局，形成便捷通畅的公路交通网。
此外，推进综合运输服务一体化，提升京津冀区域一体化运输服务水平，提升智能化服务和管理水平，推动安全绿色可持续交通的发展。
在推进京津冀交通一体化的同时，北京“十三五”交通规划对于一些大家关心的热点问题也给出了一些新的信息。针对机动车限牌问题，规划中表示，将继续完善小客车指标调控政策，2017年底将全市机动车保有量控制在600万辆以内，2020年控制在630万辆以内。
同时，规划中表示，在此基础上将研究普通小客车指标引入市场化配置方式的改革方案。有相关人士表示，这或许意味着未来北京摇号上牌的方式将有改变，或将引入号牌拍卖的方式。
